Bắt đầu từ năm 1869 bởi Ernest Cognacq và vợ là Marie-Louise Jaÿ, một người bán hàng quần áo của Le Bon Marché. Ernest Cognacq bắt đầu buôn bán nhỏ ở phố Monnaie vào năm 1869. Kết hôn với Marie-Louise Jaÿ, đôi vợ chồng này quyết định mở rộng cửa hàng của họ và năm 1900, cửa hàng lớn La Samaritaine ra đời.

Học tập theo phương pháp kinh doanh của Aristide Boucicaut với cửa hàng Le Bon Marché, Ernest Cognacq tổ chức của hàng của mình thành những gian hàng nhỏ với các chủ độc lập và tự chịu trách nhiệm.

Cùng với việc mua thêm các tòa nhà gần cửa hàng của mình, Ernest Cognacq tiếp tục mở rộng Samaritaine. Khối nhà được tu sửa và xậy dựng lại trong khoảng thời gian từ 1883 cho tới 1933, chủ yếu vào 1903 và 1907 bởi kiến trúc sư Frantz Jourdain, người đã sử dụng phong cách Tân nghệ thuật. Lần mở rộng năm 1933 biến Samaritaine thành một tòa nhà 10 tầng do kiến trúc sư Henri Sauvage thực hiện theo phong cách Art Déco. Ngày nay, cửa hàng này được xếp hạng công trình lịch sử nước Pháp.

Sau những thua lỗ vào thập niên 1990, diện tích cửa hàng bị thu nhỏ. Samaritaine được bán lại cho LVMH, tập đoàn kinh doanh đồ xa xỉ đã mua lại Le Bon Marché trước đó. Ngày 15 tháng 6 năm 2005, với lý do an toàn theo các tiêu chuẩn mới, La Samaritaine phải đóng cửa để tu sửa.